过去，在被称作冬木的城市，曾举行过由七位魔术师与七位英灵参加的“圣杯战争”。然而，趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯——数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会并宣布独立。愤怒的魔术协会为此派遣了刺客，但他们却遭到了千界树一族召唤出的从者（Servant）的强力反击。以此为契机，原本的规则被彻底颠覆，演变成了一场前所未有的十四位御主与十四位从者共同厮杀的超大规模圣杯战争。在这场分红与黑两大阵营的激烈对决中，渴望救赎的无铭少年齐格与高举反叛旗帜的贞德命运般地相遇，最终卷入了这股席卷一切的魔术狂澜之中。
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