《名侦探光之美少女！》故事舞台设定在1999年的真实未来市。14岁的国中二年级生明智安娜原本生活在2027年，在生日当天遇见了妖精「波奇坦」，并在房间内神秘坠饰的引导下，意外穿越回到了过去。在这个充满怀旧气息的年代里，她结识了同为14岁、同样憧憬成为名侦探的少女——小林未来。然而，平静的生活被神秘的「幻影怪盗团」打破，他们接连夺走人们心中最珍贵的事物，令众人陷入了深深的困扰与悲伤。目睹这一切的安娜与未来无法坐视不管，两人决定挺身而出。在关键时刻，她们变身为名侦探光之美少女，喊出那句招牌台词：「这个谜团！交给光之美少女来解决！」两位少女一边运用出色的推理能力守护大家的笑容，一边寻找着让安娜能够回到原本时代的线索，一场交织着悬疑推理与奇幻冒险的时空之旅就此展开。
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