从人类的思想与情感中诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源而广泛应用。在社会获得显著发展的繁荣表象背后，恐怖的怪物悄然浮现——那是吞噬e-脉冲以不断进化的神秘生命体「数码兽」。少年天马智郎因与突然从辅助蛋中现身的壁虎兽命运般相遇，自此被卷入了一个充满未知与危机的非日常世界。在与以赚取赏金为生的「黄金黎明」团队领袖泽城响等人共同生活的过程中，智郎逐渐找到了内心的羁绊，并重新下定了直面命运的决心。人类与数码兽将共同描绘的全新未来究竟是什么？一场打破绝境、奏响命运节拍的宏大冒险，就此拉开序幕。
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