高中生侦探工藤新一在一次追查黑衣人犯罪团伙的可疑交易时，不幸被同伙从背后击晕，并被灌下神秘毒药。当他醒来时，震惊地发现自己竟然变回了小学生的模样！
为了防止黑衣组织察觉他还活着从而危及身边的人，新一在好友阿笠博士的建议下决定隐姓埋名。博士不仅为他度身打造了各种高科技间谍道具，更为他制定了暗中追查组织、寻找解药的计划。
一日，青梅竹马的女友毛利兰来到阿笠博士家寻找男友的下落。情急之下被小兰撞见的新一，急中生智为自己编造了一个化名——江户川柯南。随后，柯南顺理成章地寄住在了小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一便藉由与小五郎一同四出办案的机会，在幕后屡破奇案，并暗中追查黑衣人的下落。
在此期间，柯南在小学结识了步美等小伙伴，他们共同组建了少年侦探团。外表看似小孩，智慧却过于常人的小小侦探江户川柯南，向犯罪分子宣战的活跃大幕，就此拉开！
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