《仙剑奇侠传三》的故事发生在《仙剑奇侠传》第一代的五十年前。彼时，李三思刚刚降生，巫后尚在襁褓，剑圣亦未拜入蜀山。一切的因果，源自千年前神界的一场旷世之战。神将军飞蓬与魔尊重楼因神魔两界冲突屡次交手，难分胜负，两人渐生惺惺相惜之意。重楼邀飞蓬前往新仙界决斗，飞蓬碍于天规犹豫再三，最终经不起诱惑答允。两人势均力敌，比试旷日持久，惊动天庭。天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间，就此落败。光阴荏苒，飞蓬被贬入凡间，历经多次转世，成为渝州城永安当的小伙计景天，怀揣着成为蜀山大侠的平凡梦想。而魔界的重楼寻觅至人间，发现昔日神将的转世竟如此卑微，心有不甘的他滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，取走了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳所铸炼的魔剑。在渝州城，景天与唐门大小姐唐雪见因随身玉佩的彼此吸引，以一场“热闹而又尴尬”的相逢结为欢喜冤家。其实，雪见和景天正是彼此的有缘人，两人皆来历不凡，身藏几世的秘密。重楼寻到景天发起挑战，并将魔剑交予他手中，从此彻底改变了景天的生活轨迹。起初，景天被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门与霹雳堂的争斗之中。随着雪见家族的剧变，二人阴差阳错地步入了江湖的血雨腥风，并在险恶的江湖中结识了蜀山大弟子徐长卿与女娲后人紫萱。同时，一直隐藏在魔剑中的鬼魂化形而出，她正是景天前世龙阳的妹妹、等待了千年的龙葵。等待这群热血儿女的，是更加惊险的前程与拯救苍生的重大责任。前世的恩怨与今生的羁绊交织，一场关乎六界安危的传奇冒险，就此拉开帷幕。