在近未来的日本，有一座名为“疏濑”的宁静小城。这里的市民原本过着按部就班的平凡生活，唯独城市一角的丘陵上，耸立着一座由医疗机器制造厂建造、外形酷似熨斗的奇异工厂。每天到了固定的时刻，这座工厂都会如同刚熨烫完衣物一般，向天空中喷吐出大量的蒸汽。小学六年级的少年直太，与哥哥留学时留下的高中女友真见美，常常在河边百无聊赖地打发着时间。然而，本该一如往常的平凡岁月，随着传说中的“蜜蜂女”——晴子的登场而戛然而止。她驾驶着电车轰然撞向直太，不仅用一记“人工呼吸”将其救活，更抡起贝斯吉他狠狠砸中了他的头部，致使直太的头上长出了奇怪的角！不仅如此，晴子随后竟堂而皇之地作为佣人住进了直太家中。这个行为怪异的女人口中不断呢喃着“FLCL”的谜样词汇，她背后隐藏的秘密，以及这个词汇的真正含义，彻底打破了小城的宁静，让直太的生活迎来了翻天覆地的改变。
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