《特别使命》是一部独具一格的高智商犯罪题材电视剧，打破了近年来电视荧屏上以《重案六组》、《案发现场》为代表的传统涉案剧多以刑事案件为主的叙事窠臼。该剧敏锐地切入社会焦点话题，紧扣“税”这一核心元素展开惊险博弈，在众多涉案影视作品中独树一帜，堪称全新的亮点。故事发生在某省清水市。一个深更半夜的街头，一群歹徒疯狂砸毁个体司机的车辆后扬长而去，面对受害者的质问与歹徒的挑衅，当地派出所民警却显得无所作为。就在这治安混乱、黑恶势力猖獗的纷乱局势中，年轻警官林荫临危受命，被任命为新的清水市公安局长。赴任途中，林荫亲眼目睹一伙恶徒围殴个体司机，他挺身而出一番搏斗，当场擒获三名行凶壮汉，并下令严惩与追捕，打响了上任的第一炮。然而，副局长牛明暧昧的态度、派出所长赵铁军放跑歹徒的行径，无疑给了这位新局长一个下马威。不久后，市委方书记等领导的办公室深夜被盗，值班员惨遭杀害。面对方书记的震怒与指责，林荫立下军令状，承诺一个月内破案，否则就地辞职。此时，何大来突然来到清水，授意市人大常委、光华公司董事长郑光军在豪华的皇朝大酒楼设宴款待林荫。席间，酒楼女经理陶素素那哀怨的歌声让林荫觉得似有深意，遂对她的身份来历产生了警觉。与此同时，刑警秦志剑对林荫与何大来、郑光军等人的交往产生误解，愤而提出辞职。林荫大感诧异并坚持挽留，秦志剑深受触动，将自己暗中对郑光军一伙人的调查情况全盘托出。至此，林荫终于看清了清水市黑恶势力的源头所在。看清局势后，林荫依靠以秦志剑、高翔为代表的广大正直公安干警，在陈副书记、洪市长、方政委等人的支持下，与以郑光军为首的黑恶势力，以及公安队伍内部的腐败分子展开了殊死搏斗。正当林荫为工作经费紧张发愁时，局办公室副主任郝正突然引荐，称市财政局局长能通过省厅处长帮公安局申请经费。然而，该处长提出的交换条件竟是让林荫准许其朋友来清水开设赌城。面对黑恶势力与腐败分子的威逼利诱，林荫怒不可遏，断然拒绝。他肩负着特别使命，坚守对党和国家的忠诚之心，以高智商的侦破策略与百折不挠的毅力，最终协助警方彻底捣毁了清水市的黑恶势力网络，将犯罪分子绳之以法。