“他为了死亡，选择了侦探之路……”
时值2030年代，在神秘名侦探明智小五郎麾下，集结着一支行动力天赋异禀的“少年侦探团”。他们凭借出色的能力，将大大小小的棘手案件逐一导向解决。
某天，团员花崎健介邂逅了一位神秘的少年——小林芳雄。小林因卷入“正体不明的烟雾”事件，身体变成了“无法死去”的不死之躯。备受折磨的他极度期盼着自身的死亡，从而封闭内心，拒绝与任何人接触。
然而，花崎却对这位散发着异样气息的少年产生了浓厚兴趣，并向他伸出了援手：“要不要加入‘少年侦探团’？”
小林与花崎，两个命运迥异的少年的相遇，终将与世纪犯罪者怪人二十面相及名侦探明智小五郎之间错综复杂的因缘相互交织。在黑怪物搅得人心惶惶的暗影中，在惊天秘密与宿命对决的序幕下，命运的齿轮开始转动，无情地推动着两人走向未知的深渊与未来……
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