满清入主中原，正值百废待兴之际，清世祖顺治帝驾崩。顺治临终将皇位传予三阿哥玄烨（康熙，张智霖 饰），并授命索尼、苏克萨哈、遏必隆及鳌拜四位顾命大臣辅政。玄烨童年并未深得父皇欢心，后更因染上天花被迫迁居宫外。孤苦无依之际，他结识了鳌拜（林嘉华 饰），被其英雄气概所吸引并随之习武，两人由此结下亲如父子的感情。玄烨即位，改元康熙，视鳌拜为榜样，不论武功政事均十分信任；鳌拜亦借此关系在朝中排除异己。随着康熙日渐长大，接连发生的「明史案」、「汤若望案」及「圈地换地事件」让其看清了鳌拜嚣张狂妄的真面目，更促使他决意借大婚之机早日亲政。康熙自幼与冰月公主（梁小冰 饰）青梅竹马，遂向太皇太后提议立其为后，不料遭太后以冰月非安亲王亲生女、出身不明为由拒绝。适逢靖南王之弟耿聚忠上书求亲，太后乘机将冰月下嫁，以达到分开康熙与冰月、并拉拢靖南王的双重目的。眼见心爱之人被迫远嫁他人，康熙无限心伤，但以国事为重，只好遵从太后之命，在芸芸美女中选了索尼之孙女芳仪为后，将全副精力转注于国家政事。鳌拜势力日益坐大，多次与皇权作对，康熙虽贵为天子却也难以抗衡。加之难舍冰月已嫁耿聚忠，他终日忧愁，幸得太后多番训诫才如梦初醒，立志要从鳌拜手中夺回政权。鳌拜察觉康熙似有夺权之意，竟以回乡祭祖为由请辞，有意让康熙尝尽事事受阻、路路不通的苦楚，康熙迫于无奈，只得将鳌拜迎回京师重掌朝政。在此严峻情势下，康熙微服离京寻访有识之士，偶遇前朝朱三太子（朱慈安 饰），两人结为师生。朱三太子不避国仇家恨为康熙提供治国良策，康熙更惊见朱之养女水月貌似冰月，移情之下渐萌爱意。此后虽厘清了对水月的真爱，岂料行踪却被鳌拜知悉并派人追杀。康熙一方面为对付鳌拜而苦恼，另一方面又惊闻三藩蠢蠢欲动。幸得冰月暗中协助，拉拢三藩以抗衡鳌拜之兵力，并启用索额图加强宫中守卫。康熙究竟有何妙计对付心思缜密、不可一世的鳌拜？这其中又将发生怎样的变化与转机？万人之上的天子，是否真能与心中所爱长相厮守？