“夏亚的反叛”（第二次新吉翁战争）结束12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织，开始以暗杀政府高官的激进方式，对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，竟是曾在一年战争中与阿姆罗·雷并肩作战的英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。神秘少女琪琪·安达露西亚展现出超乎寻常的奇异力量，唤醒了哈萨维深埋心底的创伤。尽管被少女晦涩的言语所动摇与捉弄，他仍决心让过去的阴影得以安息，为实现马夫蒂的目标步步推进，并全力准备对阿德莱德会议发动空袭。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格正紧锣密鼓地部署阿德莱德会议的防御行动与剿灭计划。此时，刑事警察机构的汉德利·约克森向他提出了秘密提案。在哈萨维与凯奈斯各自为追寻目标而采取行动时，琪琪亦为了履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
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